簡要描述:核糖體印跡測序(Ribosome profiling, Ribo-seq)檢測正在翻譯的RNA信息,揭示蛋白合成的時間,位置,以及蛋白質(zhì)合成的調(diào)控機制。
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技術原理
蛋白質(zhì)是生命活動的主要承擔者,翻譯調(diào)控又是細胞內(nèi)重要的調(diào)控方式。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來指導蛋白質(zhì)合成的過程,是基因表達的關鍵步驟。翻譯的過程受到嚴格的調(diào)控,很多疾病與翻譯異常相關,比如神經(jīng)退行性疾病、貧血癥和發(fā)育障礙等。雖然核糖體的結構與功能研究的比較透徹,但是對于翻譯過程的調(diào)控機理還需要深入研究。
核糖體印跡測序(Ribosome profiling, Ribo-seq),能夠詳細檢測體內(nèi)的翻譯狀態(tài)。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的mRNA以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結合的mRNA片段進行測序,能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉(zhuǎn)錄組與Ribo-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析,可以計算出蛋白質(zhì)的合成速率。
技術特點
Ribo-seq能夠揭示蛋白合成的時間、地點、位置、哪些蛋白質(zhì)正在被合成以及蛋白質(zhì)合成的調(diào)控機制。Ribo-seq搭建了從轉(zhuǎn)錄組學到蛋白質(zhì)組學之間的橋梁,已經(jīng)廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中,用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調(diào)控機制。
應用方向
Ribo-seq應用于研究轉(zhuǎn)錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、ORF位置和蛋白質(zhì)的翻譯調(diào)控機制。
Ribo-seq技術已經(jīng)廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中,用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調(diào)控機制。總之,Ribo-seq能從基因組水平檢測蛋白質(zhì)的翻譯狀況,獲得正在翻譯的mRNA序列信息并解析翻譯調(diào)控機制。
藍景科信優(yōu)勢
實驗周期快、質(zhì)量高、結果穩(wěn)定可靠。
豐富的物種經(jīng)驗。
實驗流程
分析內(nèi)容
標準生信分析
(1)原始數(shù)據(jù)過濾與測序質(zhì)量評估
(2)比對去除核糖體RNA、tRNA、sRNA等
(3)Reads長度分布統(tǒng)計與長度過濾
(4)比對參考基因組
(5)測序飽和度分析
(6)RF在基因組上的分布統(tǒng)計與分類
(7)三堿基節(jié)律分析
(8)翻譯基因統(tǒng)計與表達量分析
(9)樣本關系分析
(10)組間差異翻譯基因分析
(11)差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析
Ribo-seq與RNA-seq的聯(lián)合分析
(1)翻譯效率計算
(2)Ribo-seq與RNA-seq的相關性分析
(3)翻譯效率與轉(zhuǎn)錄水平的關聯(lián)分析
分析流程
實驗案例
送樣要求
(1)細胞樣本:建議送樣量5×106-1×107個。
(2)動物組織樣本:建議送樣量≥300 mg。
(3)植物組織樣本:建議送樣量≥500 mg。
樣本分組
至少2組樣品,包括對照組和實驗組,樣本數(shù)建議:3 Vs 3。
參考文獻
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